Het kerkelijk archief van de Hervormde gemeenten Oost-Zaandam en West-Zaandam zullen aanvankelijk in de consistories van respectievelijk de Oostzijderkerk en Westzijderkerk bewaard zijn gebleven. Vermoedelijk na de samenvoeging tot Hervormde gemeente Zaandam in 1939 werden de archieven ondergebracht in het Rusthuis aan de Bloemgracht. In 1954 werd een groot deel van het archief tot en met begin 20e eeuw in bewaring gegeven bij het Rijksarchief in Noord-Holland. Het werd in 1976 overgebracht naar het Gemeentearchief Zaanstad, dat inmiddels was ontstaan.
In 2003 volgde een aanvulling op dit archief, bestaande uit een afscheidspreek van godsdienstleraar H.C. Buissant des Amorie (onderdeel van inv.nr.1312).
In 2005 is een aanvulling van 7,5 meter archiefmateriaal uit de periode 1756-1972 vanuit de in 1976 gebouwde archiefruimte in de Westzijderkek in bewaring gegeven bij het Gemeentearchief Zaanstad. In 2014 volgde een aanvulling van 2 documenten (inv.nr. 289 en 290). Op onbekend moment is er een notulenboek van synodevergaderingen uit de periode 1692-1693 van de Hervormde gemeente West-Zaandam in bewaring gegeven (inv.nr. 658).
Tot slot volgden in 2018 vanuit de Westzijderkerk een aanvulling van circa 4,5 meter archief over de periode tot en met 1938 (AW/18/090, inv.nr. 291-563) en circa 12 meter over de periode 1939-2005 inclusief kerkbladen (AW/18/135, inv.nr. 862-1553).
In 2020 is een aanvulling gedaan, beschreven onder de inv.nrs. 1565-1580, in 2021 volgde een aanvulling die is beschreven onder de inv.nrs 1581-1593.