Omstreeks 1534 waren er in Westzaan al Doopsgezinden, zo genoemd omdat zij volwassendoop voorstonden in plaats van kinderdoop. Na 1534 (de bezetting van Münster in afwachting van het Duizendjarig Rijk van God) veranderden de doopsgezinden van een radicale beweging in een vredelievende beweging. Dit gebeurde onder invloed van Menno Simons (1496-1561). Sindsdien werden de doopsgezinden ook wel mennonieten of mennisten genoemd.
Rond 1550 ontstonden de eerste georganiseerde gemeenten in de Zaanstreek. De wederdopers belegden toen nog kerkdiensten bij mensen thuis. Het eerste gegeven van de Waterlands Doopsgezinde gemeente van Westzaan (gesitueerd in het noordelijk deel van het dorp) dateert uit 1581.
De eerste concrete aanwijzing voor de Fries Doopsgezinde gemeente in het Zuideinde dateert uit 1600. De kerkgebouwen van beide gemeenten zullen ook rond die tijd verrezen zijn; in 1695 bouwden de Waterlands Doopsgezinden de huidige Noordervermaning, in 1731 de Fries Doopsgezinden de Zuidervermaning.
De Waterlands Doopsgezinden waren van oudsher vooruitstrevender en ruimdenkender in hun opvatting dan de Fries Doopsgezinden, met name op het gebied van levenswandel en over de rol van de voorgangers.
In de tweede helft van de 17e eeuw gingen de volgelingen van een zekere “coman Jan”, de “Comiaense Gemeente”, vermoedelijk een Vlaams Doopsgezinde gemeente, samen met de Waterlanders.

Zowel de Waterlands Doopsgezinden als Fries Doopsgezinden in Westzaan hadden een weeshuis, ook wel wees- en armenhuis genoemd. Het weeshuis van eerstgenoemde gemeente stond aan de J.J. Allanstraat 251-257 en omdat het aantal wezen en armen afnam was het in de 19e eeuw niet langer rendabel zodat het rond 1810 is afgebroken. Het weeshuis van de Fries Doopsgezinden was in 1718 als zodanig in gebruik genomen. Het stond aan de noordoostkant van de Zuidervermaning. Na opheffing in 1884 werd het verbouwd tot kosterswoning. In het weeshuis zorgden de binnenvader en binnenmoeder voor de dagelijkse gang van zaken. Zij vielen onder verantwoordelijkheid van de buitenvader en buitenmoeder.
In de 19e eeuw waren de verschillen tussen de Waterlanders en Friezen minimaal en ontstond er samenwerking. Omdat in diezelfde tijd de van oudsher rijke gemeenten financieel er slechter voor gingen staan én de ledenaantallen verminderden, werd uiteindelijk in 1930 gezamenlijk een predikant beroepen en vonden de ene week de kerkdiensten in de Noordervermaning plaats, de andere week in de Zuidervermaning. In 1949 gingen beide gemeenten officieel samen, vanaf 1951 was de officiële naam Verenigde Waterland-Fries Doopsgezinde Gemeente Westzaan.
In 1964 werd de Noordervermaning verkocht.
In 1979 volgde verkoop van de Zuidervermaning omdat de weinige leden het onderhoudsgevoelige gebouw niet meer konden onderhouden. De Stichting Oude Hollandse Kerken exploiteert er sindsdien veel culturele evenementen, de Doopsgezinden kerken er nog enkele keren per jaar, verder houden zij diensten in het voormalige weeshuis. In 1998 is de Doopsgezinde gemeente van Westzaan officieel gefuseerd met de Doopsgezinde gemeente van Koog-Zaandijk en kerken de leden sindsdien in Zaandijk en incidenteel in Westzaan *  .