De toegang tot het Zaalberg-archief bestond tot 2011 uit vierentwintig kaartenbakken met indexkaartjes, geordend volgens de decimale Zaalberg-code. Deze kaartjes bevatten naast een rubriekcode, een beschrijving van het dossier of van het onderwerp, (eventueel) een inventarisnummer gekoppeld aan een fysiek dossier, alsook verdere informatie over de zaak of het onderwerp en incidenteel ook verwijzingen naar andere dossiers. Vaak volgt er de verwijzing: “Voor stukken na 14 mei 1940 zie ...” waarbij er verwezen wordt naar stukken die zich vermoedelijk bevinden in de archiefbestanden OA-0054 Gemeentebestuur Zaandam (1800) 1813-1945 (1982) of OA-0059 Gemeentebestuur Zaandam (1822) 1945-1973 (1988).

De dossiers in het archief zijn gerubriceerd primair op de code van de (sub-)rubriek en secundair op chronologie, waarbij de datum van het eerste document in het dossier bepalend is voor de plaatsing ervan binnen de desbetreffende rubriek.

De informatie van de indexkaartjes, zowel de kaartjes waarvan de inventarisnummers corresponderen met de fysieke dossiers, als de ongenummerde verwijskaartjes, is in 2011 geconverteerd naar het collectiebeheersysteem MAIS-Flexis. Hiermee is het archief ontsloten middels een digitale en papieren inventaris.

In 2018 is DOCFactory gestart met de nadere ontsluiting van het archief om de inhoudelijke en fysieke toegankelijkheid van het archief te vergroten. Hiertoe is een nieuwe inventaris opgesteld, waarbij de aanwezige archiefbestanddelen zijn geplaatst met behoud van hun oorspronkelijke inventarisnummer.