In 1997 werd het archief geïnventariseerd

De plaatsingslijsten zoals die tot 1997 toe gehanteerd werden, waren niet bruikbaar als hulpmiddel bij de herordening van het archief. Zij gaven geen inzicht in de oude ordening noch in de locatie van de stukken in het depot. Bovendien waren de beschrijvingen te summier, onvolledig of geheel onjuist. Er is begonnen met een beschrijving van de stukken zoals die in het depot staan volgens archieftechnische principes. Den Teuling onderscheidt binnen de inventarissen van bedrijfsarchieven 3 modellen: Den Teuling, Het inventariseren van bedrijfsarchieven, in het bijzonder productiebedrijven, in: Nederlands. Archievenblad 1984, p. 12-33. - Het historiserende model (gebaseerd op dat van een overheidsorganisatie - Het Gelderse model (gebaseerd op de organisatie van de onderneming) - Het monistische model (gebaseerd op de functies van de onderneming)
©

Het bedrijf hanteerde het systeem van het dubbel boekhouden, hetgeen kort gezegd betekent dat men de financiële gegevens twee keer boekt. Men boekt niet alleen in dagboeken, debiteuren/crediteurenboek en balans, zoals bij het enkel boekhouden, maar ook in journalen en grootboeken om via deze manier van dubbele boeking ten alle tijden de vermogenssituatie te kunnen overzien en niet alleen zoals bij het systeem van enkel boekhouden slecht éénmaal per jaar. * 

Het sinds de vijftiende eeuw in West-Europa toegepaste systeem van dubbel boekhouden kent twee varianten. De eerste wordt ook wel de dagelijkse of Italiaanse methode van het dubbel boekhouden genoemd, omdat men daarin dagelijks alle voorkomende financiële feiten boekt in het dagboek, resp. journaal en grootboek, de basisstukken van de methode en omdat deze manier voor het eerst werd toegepast door Italiaanse kooplieden. In de dag- of hulpboeken legt men in tijdsvolgorde de financiële feiten vast. Deze boeken worden dan ook wel chronologische boeken genoemd. Deze boeken komen ook in het enkel boekhouden voor. * 

De dagboekposten boekt men nog dezelfde dag over naar het journaal, waarin bij elke post wordt aangegeven op welke grootboekrekening zij betrekking heeft en of de betreffende post daarop gedebiteerd of gecrediteerd dient te worden. De veranderingen in de vermogensbestanddelen liggen hierdoor vast. Na de verwerking van de dagboekposten in het journaal boekt men de journaalposten over naar de betreffende rekeningen in het grootboek. De benamingen van de rekeningen in het grootboek komen veelal overeen met de benamingen van de posten op de balans. Journaal en grootboek komen worden dus niet gebruikt bij het enkel boekhouden. * 

Na afloop van het boekjaar stelt men de jaarstukken (balans en verlies- en winstrekening met de eventuele toelichting daarop) samen met behulp van het grootboek, de uit het grootboek samengestelde kolommenbalans en de inventaris (de vaststelling van de waarde en hoeveelheid van de schulden en bezittingen). Bij het enkel boekhouden wordt als jaarstuk alleen de balans opgemaakt en kan het eigen vermogen dus slechts periodiek worden vastgesteld. * 
Journaal, grootboek en jaarstukken noemt men hoofdboeken en omdat ze de veranderingen in het hele vermogen van een onderneming registreren, zonder de details aan te geven worden ze ook wel synthetische boeken genoemd. * 

Bij de dagelijkse methode van dubbel boekhouden boekt men, zoals hiervoor is beschreven, elke dagboekpost apart over naar het journaal en van daaruit naar het grootboek. Is het aantal financiële feiten dat zich voordoet echter omvangrijk, dan biedt de dagelijkse methode met zijn vele boekingshandelingen geen uitkomst meer. Men kan dan de maandelijkse of Hollandse (voor het eerst toegepast door Hollandse kooplieden) methode van dubbel boekhouden toepassen. * 

De maandelijkse methode benut dezelfde basisstukken als de dagelijkse, doch de posten in de dagboeken worden maandelijks gesommeerd en deze totalen boekt men over naar het journaal, resp. het grootboek, met als omschrijvingen de benaming van het boek waaruit ze afkomstig zijn. Het samenstellen van de kolommenbalans, inventaris, balans en winst- en verliesrekening en daarmee het bepalen van de grootte van het eigen vermogen gaat op dezelfde wijze als bij de dagelijkse methode. *  Bij de maandelijkse methode van het dubbel boekhouden kent men ook de gesplitste grootboeken. Dit doet men als het aantal boekingen op één grootboekrekening zo groot wordt, dat vele folio's gebruikt moeten worden. Een andere mogelijkheid is dat er een apart register wordt aangelegd waarin één grootboekrekening wordt uitgesplitst. Hiervoor komen vooral de rekeningen debiteuren, crediteuren en voorraden in aanmerking. In de te vormen registers krijgt iedere debiteur, crediteur of goederensoort een eigen rekening. De functie van deze registers in het dubbel boekhouden is dus het specificeren van grootboekrekeningen en worden daarom subgrootboeken of analytische boeken genoemd (in het enkel boekhouden hebben deze boeken als functie het specificeren van dagboekposten, voor zover men dit nodig acht). * 
Voor zover de overgebleven boekhoudkundige stukken hierin inzage geven hanteerde Koninklijke Wessanen N.V. het systeem van het dubbel boekhouden volgens de maandelijkse methode, waarbij al snel werd overgegaan tot het aanleggen van subgrootboeken (het eerste dateert van 1823).

De meest gebruikelijke volgorde van de stukken voor een dergelijk boekhoudkundig systeem in een bedrijfsinventaris is als volgt: * 
- Synthetisch boeken
. Jaarstukken
. Grootboeken
. Journalen
- Chronologische stukken (dagboeken)
- Analytische stukken (subgrootboeken)

Men kan over de periode 1830-1940 op een redelijk overzichtelijke manier via de inkoop- en verkoopboeken, de kasboeken, de journalen, de grootboeken, subgrootboeken en balansen en winst- en verliesrekeningen het boekhoudkundige proces in die jaren volgen. Daarvóór en daarna zijn de stukken daar te fragmentarisch voor. Vóór 1800 en na 1960 komen er geen boekhoudkundige bescheiden voor in het archief.
De oude ordening van de chronologische boeken volgen een eenvoudig numeriek systeem en spreekt verder voor zichzelf. Wel is het zo dat er veel nummers ontbreken.
De ordening van de synthetische en analytische boeken vereist een nadere uitleg.

De grootboeken en subgrootboeken zijn geordend in een systeem, waarbij een periode bij de grootboeken wordt aangeduid met een letter of een cijfer en een periode bij de subgrootboeken wordt aangeduid met een letter of een combinatie van een cijfer en een letter en het soort boek met een cijfer daarachter (bijv. nr. 11 T nr. 6, waarbij nr. 11 T periode 1866-1869 aangeeft en nr. 6 een binnenlands debiteurenboek). De eerste letter die is aangetroffen is C en slaat op een grootboek over de periode 1804-1807, terwijl de eerste cijfer/lettercombinatie nr. 7 P is, waarmee een incassoboek over de periode 1851-1854 wordt aangeduid. Op basis hiervan kan worden verondersteld dat men al aan het eind van de 18e eeuw is begonnen met de alfabetische rangschikking en omstreeks 1830 met de rangschikking volgens een cijfer/lettercombinatie. In hoeverre de grootboeken en de subgrootboeken in hetzelfde systeem zitten is niet goed duidelijk. Tot 1865 lijkt dit niet het geval te zijn omdat de letters van de grootboeken niet overeen komen met de letters van de subgrootboeken. Bovendien omvatten de periodes bij de grootboeken een variërend aantal jaren, terwijl bij de subgrootboeken (behalve in de periode voor 1851) een vaste periode van 4 jaar wordt gehanteerd. Na 1865 lijken de grootboeken wel aan te sluiten bij het ordeningssysteem van de subgrootboeken, omdat de grootboeken dan regelmatig met nr. 1 worden aangeduid, terwijl de subgrootboeken steeds met nr. 2 beginnen. De serie grootboeken van 1830 tot 1947 zijn vrij volledig te noemen en bevatten meestentijds ook balansen en winst- en verliesrekeningen. De bijbehorende journalen zijn over de periode van 1844 tot en met 1951 vrij compleet.

Tot 1893 zijn de series subgrootboeken nogal onvolledig, vanaf dit jaar tot 1920 zijn de aangetroffen series nagenoeg compleet. In 1893 is men t/m de letter Z gekomen en gaat men over op een aanduiding van een periode met dubbele letters beginnend bij AA, terwijl de cijferreeks gewoon doorloopt (18 en verder). In elke periode worden meerdere boeken aangelegd met een nummering variërend van 2 t/m 9 tot 2 t/m 13, waarbij de eerste 5 tot 9 boeken betrekking hebben op debiteuren in het binnenland, de volgende 2 boeken handelen over de debiteuren in het buitenland. Deze boeken worden steeds personengrootboeken genoemd, maar worden in de inventaris aangeduid met debiteurenboeken. De laatste 2 boeken per periode worden kassiersgrootboeken genoemd en bevatten de boekingen gedaan door incassobureaus of incassopersonen. Dit kunnen dan ook geen debiteurenboeken genoemd worden; incassoboeken is hiervoor de beste benaming. In het begin komen ook nog goederenboeken voor (tot 1900), in de inventaris voorraadboeken genoemd, maar deze passen ogenschijnlijk niet in het onderhavige systeem. De series van de sub-grootboeken lopen door tot en met de periode 1917-1920 met de letteraanduiding GG om vervolgens niet meer voor te komen.

Er zijn in dit gedeelte van het archief nogal wat boekhoudkundige bescheiden gevonden van het bedrijf N.V. Rijstpellerij voorheen Albert Vis. Zoals uit de beschrijving van de geschiedenis van het bedrijf kan worden opgemaakt, heeft Wessanen dit bedrijf in 1928 overgenomen, maar bleef het bedrijf functioneren met een zelfstandige administratie. Als zodanig is besloten dit bedrijf te beschouwen als een zelfstandige archiefvormer.
De stukken behorende bij de overdracht van 1990 bestaan uit privé-brieven van Dirk Laan en behoren als zodanig niet tot het bedrijfsarchief van Wessanen, maar bij het archief van het geslacht Laan.
De tussen de stukken gevonden kranten, brochures, rapporten e.d. verzameld onder het kopje documentatie zijn aan het archief toegevoegd.

In 2010 heeft R.M. Feld een aanvulling en een aanwinst toegevoegd aan de al bestaande inventaris. Deze stukken betreffende de inventarisnummers 452 - 464.

In 2018 is het archief, inclusief alle recent ingekomen aanwinsten geïnventariseerd. De basis vormde de inventaris uit 1997. De ordening is ongewijzigd gelaten. Aanvullingen zijn in bestaande rubrieken ondergebracht. Twee prenten, een aanwinst uit 2009, zijn opgenomen in de Beeldcollectie met signatuur 14.0043 en 14.0044. Aanwinst 10/36 is eveneens in de Beeldcollectie opgenomen (nog zonder signatuurnummer, nog niet gedigitaliseerd).