De eerste bewoners hebben zich aan het einde van de 13e eeuw vanuit Oostzaan bij de Dam aan de Zaanoever gevestigd. Omstreeks dezelfde tijd werd er ook een kapel gebouwd aan de oostzijde van de Zaan. In 1419 zijn door de bisschop van Utrecht, de rechten van de kapel en de kapelaan aanmerkelijk uitgebreid. * 

Hoewel ze tot verschillende rechtsbannen behoorden, vormden Zaandam aan de oostzijde en Zaandam aan de westzijde één gemeenschap. In 1636 is deze eenheid met wederzijds goedvinden verbroken. De scheiding was met name van bestuurlijke en waterstaatkundige van aard. De willige condemnatie van de Hoge Raad van 29 Mei 1636 over het akkoord tussen beide delen over deze scheiding, is te vinden in de Handvesten van Westzaenden en Crommenie op blz. 417.

Samen met Oostzaan vormde Oost-Zaandam de banne en de ambachtsheerlijkheid van Oostzaan, met een gemeenschappelijke rechtbank, een weeskamer, de heemraadschap en een gemeenschappelijk financieel beheer. Het gemeenschappelijk bestuur werd door beide dorpen gekozen, maar Oost-Zaandam werd altijd door één schepen, één vroedschap en één weesmeester minder dan Oostzaan in het bestuur vertegenwoordigd.
De gekozen regenten vormden tevens het bestuur in de plaats van hun afvaardiging.

Ondanks de grote economische bloei van Oost-Zaandam in de 17e eeuw bleef het in het bansbestuur sterk ondervertegenwoordigd ten opzichte van Oostzaan. In 1795 werd de bestuurlijke verhouding tussen Oost-Zaandam en Oostzaan grotendeels verbroken. In beide plaatsen werd een afzonderlijke municipaliteit ingesteld en men richtte te Oost-Zaandam een eigen rechtbank en weeskamer in. Rond die tijd werden de ambachtsheerlijke rechten opgeheven. Ten tijde van de Bataafse Republiek (1795-1811) wist Oost-Zaandam zich te ontwikkelen tot een zelfstandige gemeente.
Bij keizerlijk decreet van 21 oktober 1811 werden Oost-Zaandam en West-Zaandam verenigd tot de stad Zaandam. Oost-Zaandam bleef wel deel uitmaken van de polder Oostzaan en Oost-Zaandam.

Het in 1685 gebouwde raadhuis van Oost-Zaandam, gelegen aan de oostelijke oever van de Zaan, is in 1846 vervangen door een nieuw raadhuis in het centrum van Zaandam.

In kerkelijk opzicht viel Oost-Zaandam aanvankelijk onder de parochie van Oostzaan. Na hervormingen tussen 1576 en 1580 is het een afzonderlijke kerkelijke gemeente geworden.